Biopython - 主题对象

Biopython Motif对象 - 从简单和简单的步骤开始学习Biopython，从基本到高级概念，包括简介，安装，创建简单应用程序，序列，高级序列操作，序列I / O操作，序列比对，BLAST概述，Entrez数据库， PDB模块，Motif对象，BioSQL模块，群体遗传学，基因组分析，表型微阵列，绘图，聚类分析，机器学习，测试技术。

序列基序是核苷酸或氨基酸序列模式.序列基序通过可能不相邻的氨基酸的三维排列形成. Biopython提供了一个单独的模块，Bio.motifs可以访问序列图案的功能，如下所示 :

from Bio import motifs

创建简单的DNA主题

让我们使用以下命令创建一个简单的DNA主题序列 :

>>> from Bio import motifs >>> from Bio.Seq import Seq >>> DNA_motif = [ Seq("AGCT"), ...               Seq("TCGA"), ...               Seq("AACT"), ...             ] >>> seq = motifs.create(DNA_motif) >>> print(seq) AGCT TCGA AACT

要计算序列值，请使用以下命令 :

>>> print(seq.counts)          0       1      2       3 A:    2.00    1.00   0.00    1.00 C:    0.00    1.00   2.00    0.00 G:    0.00    1.00   1.00    0.00 T:    1.00    0.00   0.00    2.00

使用以下代码计算序列中的'A'并减去;

 >>> seq.counts ["A"，:] (2,1,0,1)

如果要访问计数列，使用以下命令 :

 >>> seq.counts [:，3]  {'A':1，'C':0，'T':2，'G':0}

创建序列标识

现在我们将讨论如何创建序列标识.

考虑以下序列 :

  AGCTTACG  ATCGTACC  TTCCGAAT  GGTACGTA  AAGCTTGG

您可以使用以下链接创建自己的徽标 : http://weblogo.berkeley.edu/

添加上面的序列并创建一个新徽标并将名为seq.png的图像保存在biopython文件夹中.

  seq.png

Sequence Logo

创建图像后，现在运行以下命令 :

 >>> seq.weblogo("seq.png")

这个DNA序列基序表示为LexA结合基序的序列标识.

JASPAR数据库

JASPAR是最受欢迎的数据库之一.它提供了用于读取，写入和扫描序列的任何主题格式的工具.它存储每个主题的元信息. 模块Bio.motifs包含一个专门的类jaspar.Motif来表示元信息属性.

它具有以下值得注意的属性类型 :

matrix_id : 独特的JASPAR主题ID
name : 主题的名称
tf_family : 主题家族，例如'Helix-Loop-Helix'
data_type : motif中使用的数据类型.

让我们创建一个在biopython文件夹中的sample.sites中命名的JASPAR站点格式.它的定义低于 :

sample.sites>MA0001 ARNT 1 AACGTGatgtccta >MA0001 ARNT 2 CAGGTGggatgtac >MA0001 ARNT 3 TACGTAgctcatgc >MA0001 ARNT 4 AACGTGacagcgct >MA0001 ARNT 5 CACGTGcacgtcgt >MA0001 ARNT 6 cggcctCGCGTGc

在上面的文件中，我们创建了motif实例.现在，让我们从上面的实例创建一个motif对象 :

>>> from Bio import motifs >>> with open("sample.sites") as handle: ... data = motifs.read(handle,"sites") ... >>> print(data) TF name None Matrix ID None Matrix:            0       1       2       3       4       5 A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00

这里，数据从sample.sites文件中读取所有motif实例.

要从数据打印所有实例，请使用以下命令 :

>>> for instance in data.instances: ...    print(instance) ... AACGTG CAGGTG TACGTA AACGTG CACGTG CGCGTG

使用以下命令计算所有值 :

>>> print(data.counts)            0       1       2       3       4       5 A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00>>>